有机溶剂过滤器的原理和方法是利用滤膜过滤流动相溶液中的杂质，使用真空泵加快过滤的速率。其中，起关键性作用的就是滤膜，滤膜分为有机和水系这两种，滤膜种类的选择根据过滤流动相溶液的性质而不同。水系滤膜适用于水基溶液，不耐有机溶剂，具有较高的化学和热稳定性，流速快、耐酸碱能力强，具有高机械强度，对蛋白质吸附力较低。有机滤膜为疏水性滤膜，适用于有机溶剂及空气过滤。耐酸耐碱，抗氧化剂。耐高温，强度好，化学性能稳定。不仅适用于含有酸碱性的水溶液，更适用于含有有机溶剂，如醇类、烃类、脂类、酚类、酮类等有机溶剂。

　　有机溶剂过滤器长期用于过滤溶剂中的杂质，溶剂的质量或污染以及藻类的生长会堵塞溶剂过滤器，从而影响泵的运行，尤其水溶液或磷酸盐缓冲液。为有效防止溶剂瓶内溶剂过滤器的堵塞，在使用过程中须严格执行溶剂过滤，避免使溶剂瓶暴露在直射阳光下，尽量使用琥珀色的溶剂瓶盛放水溶液或磷酸盐缓冲液，存放多日的蒸馏水及磷酸盐缓冲液不宜使用。

　　有机溶剂过滤器过滤头用于液相色谱仪样品进样系统，一般与注射器结合使用，使用方法是在注射器摄入适量样品溶液之后，将过滤头安装在注射器进口处，在注射器向仪器进样口中注射样品溶液时即可起到过滤的作用。

　　过滤头堵塞会影响过滤速率和效果，测试过滤头是否堵塞，可以将过滤头从瓶盖组件处拔下，使管线中充满溶剂，如果过滤头没有堵塞，溶剂会自由滴出；如果过滤头已经堵塞，则没有溶剂或只有很少的溶剂滴出。过滤头堵塞后的处理方法是将过滤头从组件中取下，在浓硝酸（35%）中浸泡1h，然后用二次蒸馏水冲洗干净并超声处理。不锈钢材料的过滤头是可以超声清洗，玻璃材料的过滤头发生堵塞，不推荐超声清洗，因为超声很容易破坏玻璃过滤头的过滤板，只推荐用稀硝酸（35%左右）浸泡，浸泡大约一个小时后，再用水洗净过滤头。